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当引物二聚体形成时，如果使用与 DNA 双链结合的染料，在 NTC 反应中也可观察到荧光信号。无论是基于探针还是双链 DNA 结合染料的反应，在存在污染物的情况下，也可看到晚期扩增。A是扩增曲线B是溶解曲线。如果在每一个 NTC 反应里都出现扩增，很可能是其中一种或两种试剂被污染了。可采用以下步骤防止或去除污染。
1、使用干净的工作台，用带核酸降解试剂的的溶液擦抹工作台面。
2、 用带 dUTP 和 UDG 的反应预混液降解来自前序 PCR反应的产物，防止前序 PCR 反应的污染。
3、 用新的反应管通过置换不同来源的试剂，发现出现问题的试剂。
4、 在条件允许的情况下，在不同的实验地点建立反应，尤其是当应用质粒作为对照时 (质粒可以被很容易扩散并且难以去掉)。
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